B -Perinnöllinen paksu- ja peräsuolisyöpäalttius, NGS-geenipaneelitutkimus

11865 B -CRCAN-D

Näyteastia

EDTA-putki 5/3ml

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Oulu, Näytteen vastaanotto, F-rakennus/1.krs, Genetiikan laboratorio, Kiviharjuntie 7, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, UPD:aa, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkiksi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. NGS-analyysiin ei sisälly mitokondrio- tai RNA-geenejä eikä syviä intronisia variantteja tai UTR-alueiden syviä variantteja. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tutkimukseen sisältyy yleisimmän MLH1-geenin Suomessa esiintyvän mutaation, 3.5 kb:n deleetion (ns. mut1) osoitus, joka tehdään PCR/fragmenttianalyysillä.

Tulokset valmiina

Tulokset vastataan yleensä viimeistään 3 kuukaudessa

Yleistä

NGS-geenipaneeli v2 (päivitetty 28.3.2025) sisältää seuraavat geenit (37): APC ATM AXIN2 BLM BMPR1A BRCA1 BRCA2 CDH1 CDKN2A CHEK2 CTNNA1 EPCAM FLCN GALNT12 GREM1 MBD4 MLH1 MLH3 MSH2 MSH3 MSH6 MUTYH NBN NTHL1 PALB2 PMS2 POLD1 POLE PRSS1 PTEN RNF43 RPS20 SMAD4 STK11 TGFBR2 TP53 ja VHL.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.