B -Molekyylikaryotyypitys, synnynnäiset poikkeavuudet (array)

6220 B -MKsyn

Tiedustelut

Asiakaspalvelu terveydenhuollon ammattilaisille:
Puhelin 030 660 6767
Sähköposti asiakaspalvelu@nordlab.fi

Asiakaspalvelu potilaille: 08 2377 8911

Indikaatio

Kopiomäärämuutosten tutkiminen esim. jos potilaalla on kehityshäiriö ja/tai dysmorfiset piirteet, autisminkirjon oireet, epilepsia tai mikrodeleetio/duplikaatio-oireyhtymäepäilyissä.

Näyteastia

EDTA-putki 3 ml

Näytteen käsittelyohjeet

NÄYTE: Näytteeksi otetaan 5 ml (vastasyntyneet 1 - 1,5 ml) laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen mukaan liitetään Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi ja sieltä valitsemalla Lähetteet/Genetiikan laboratorio, NordLab Oulu).

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte lähetetään välittömästi genetiikan laboratorioon (S6E 1. krs). OYS:n ulkopuolella otettu näyte pakataan huolellisesti ja lähetetään pika- tai ykköspostissa osoitteeseen: NordLab Oulu, Genetiikan laboratorio, PL 500, 90029 OYS.

Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa.

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua
(HumanCytoSNP-12 (v2.1), Illumina), joka sisältää yli 300
000 (300K) cnv- ja SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen n. 10
kb välein koko ihmisen genomin. Potilaan DNA hybridisoidaan
oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden,
fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän
intensiteetit mitataan laserskannerilla (BeadArrayReader,
Illumina), muutetaan numero- ja kuvatiedostoiksi ja
analysoidaan käyttäen GenomeStudio- ja
KaryoStudio-analysointiohjelmia (Illumina). Menetelmän
erotuskyky on n. 50 kb sytogeneettisesti tunnetuilla
tärkeillä alueilla ja n. 200 kb koko genomin alueella.
Kopiomäärän muutoksien lisäksi menetelmällä voidaan
tunnistaa kopiomäärästä riippumatomat homotsygoottiset
alueet (hmz,alle 10 Mb alueita ei raportoida) ja mahdollinen
UPD (heterodisomiaepäilyissä on tutkittava myös vanhemmat)
ja suhteellisen alhainen mosaikismi. Tutkimus ei tunnista
tasapainossa olevia kromosomimuutoksia, kuten
translokaatioita tai inversioita.

Tulokset valmiina

Näytteitä analysoidaan ja tulokset vastataan kerran viikossa.

Yleistä

Molekyylikaryotyypityksessä (MK) tutkitaan koko genomista kopiomäärän muutoksia (cnv) käyttäen hyväksi DNA mikrosirutekniikoita. Molekyylikaryotyypityksen yleistyessä sen avulla on löydetty useita uusia mikrodeleetio - ja duplikaatio-oireyhtymiä ja se on selvästi tarkentanut kehityshäiriödiagnostiikkaa. Lisäksi siruilla, joissa cnv-oligojen lisäksi on mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. UPD:n varmistamiseksi ja alkuperän selvittämiseksi tarvitaan näytteet molemmista vanhemmista SNP-genotyyppianalyysiä varten. Koska molekyylikaryotyyppauksessa mitataan perimässä olevia kopiomäärän muutoksia, tutkimus ei havaitse tasapainossa olevia rakennemuutoksia (translokaatio, inversio) eikä alle 10% mosaikismia.

Tulkinta

Tutkimuksessa havaittujen kopiomäärämuutosten tai uniparentaalidisomian tulkinnassa (harmiton/patologinen muutos) ja patologisten muutosten geenisisällön analysoimisessa käytetään apuna eri tietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Jos tutkittavalla on yli 10 Mb kokoinen homotsygotia-alue, liitetään lausunnon mukaan taulukko, jossa on kaikki yli 1 Mb kokoiset hmz-alueet sekä tarvittavat tiedot alueiden geenien tutkimiseksi.