Bakteeripatogeenit, nukleiinihapon osoitus (PCR), ulosteesta
8633 F -BaktNhO
Osatutkimukset
Tiedustelut
Asiakaspalvelu terveydenhuollon ammattilaisille:Puhelin 030 660 6767
Sähköposti asiakaspalvelu@nordlab.fi
Asiakaspalvelu potilaille: 08 2377 8911
Indikaatio
Gastroenteriitin etiologian selvittäminen. EHEC-positiivisuuden seuranta.
Esivalmistelu
Täytä lähetetiedot huolellisesti. Mikäli sähköistä lähetettä ei ole käytettävissä, tulostettava lähete löytyy osoitteesta: www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/mikrobiologian_ja_immunologian_tutkimusten_lahetelomake_0.pdf
Epidemiaselvitystilanteissa merkitse näyte epidemiatunnuksella.
Näyteastia
FecalSwab -kuljetusputkiNäytteen käsittelyohjeet
NÄYTE: Ulostenäyte FecalSwab-kuljetusputkessa (Copan). Lähetä näyte mahdollisimman nopeasti mikrobiologian laboratorioon. Tarvittaessa näytteitä voi säilyttää enintään 24h huoneenlämmössä tai 5 vrk 2-8 asteessa.
KULJETUS: FecalSwab-näytekuljetusputki läpinäkyvään suljettavaan muovipussiin pakattuna (Minigrip tai vastaava)
Menetelmä
Tutkimuksessa osoitetaan ulostenäytteestä reaaliaikaisella multiplex-PCR-menetelmällä seuraavien bakteeripatogeenien geenialueita:
1. Shigella/EIEC (enteroinvasiivinen E.coli): Ei erottele toisistaan shigella- ja EIEC-kantoja.
2. Campylobacter (lajit jejuni & coli): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.
3. Vibrio (lajit vulnificus/parahaemolyticus/cholerae): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.
4. ETEC (enterotoksigeeninen E.coli)
5. EHEC (enterohemorraaginen E.coli)
6. Salmonella
7. Plesiomonas shigelloides
8. Yersinia enterocolitica
PCR-menetelmällä positiivisista näytteistä tehdään viljely bakteerikannan tarkempaa tunnistamista, herkkyysmäärityksiä ja mahdollista tyypittämistä varten (ETEC- ja EIEC-löydöksiä ei varmisteta viljelyllä).
TULOKSET VALMIINA: PCR-testin tulokset saadaan viimeistään seuraavana arkipäivänä. Mikäli PCR-tulos on positiivinen, viljely- ja herkkyysmääritystulokset saadaan pääsääntöisesti 2-3 vrk kuluessa positiivisesta PCR-vastauksesta. THL:lta saatavien tarkempien tyypitystulosten vastausaika vaihtelee tapauskohtaisesti.
Tekotiheys
Arkipäivisin (ma-pe)Tulkinta
Kukin osatutkimus vastataan erikseen joko positiivisena tai negatiivisena. Positiivinen PCR-tulos osoittaa bakteerin nukleiinihapon löytymistä ulosteesta.
Positiivisista näytteistä tehtävät viljelyt vastataan omana tutkimuksenaan (F-BaktJVi). Mikäli bakteeria on vähän, voi se jäädä löytymättä viljelytutkimuksessa ja tällöin herkkyysmääritystä ei voida tehdä.
Huomautukset
VIRHELÄHTEET: Väärin otettu, kuljetettu tai säilytetty näyte. Näyte tulisi ottaa 4 vuorokauden sisällä oireiden alusta, koska patogeenien määrä on tuolloin ulosteessa korkeimmillaan. Edeltävä antimikrobihoito voi vaikuttaa tulokseen.
PCR-testi ei tunnista Yersinia pseudotuberculosista, Aeromonas-lajeja, eikä muita kampylobakteereita kuin Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Mikäli Aeromonas-laji löytyy jatkoviljelyssä sivulöydöksenä, se ilmoitetaan vastauksessa. Epäiltäessä Yersinia pseudotuberculosis-bakteerin aiheuttamaa infektiota pyydämme ottamaan yhteyttä laboratorioon.