F -Mikrobit, nukleiinihapon osoitus (kval) ulosteesta

Osatutkimukset

Tiedustelut

Indikaatio

-Gastroenteriitin etiologian selvittäminen. Vatsatautiepidemian selvittely. Huom! Ruokamyrkytysepidemiassa suositellaan otettavaksi myös F-BaktVi3. EHEC-positiivisuuden seuranta. Epäily norovirusinfektiosta. Epäily suolistoparasiittien aiheuttamasta taudista. Tutkimusta suositellaan käytettävän ensisijaisena tutkimuksena epäiltäessä suoliston alkueläininfektiota, tutkimus sisältää yleisimmät hoitoa vaativat suoliston alkueläinparasiitit.

Esivalmistelu

Täytä lähetetiedot huolellisesti. Mikäli sähköistä lähetettä ei ole käytettävissä, tulostettava lähete löytyy osoitteesta: www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/mikrobiologian_ja_immunologian_tutkimusten_lahetelomake_0.pdf

Epidemiaselvitystilanteissa merkitse näyte epidemiatunnuksella.

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

NÄYTE: Ulostenäyte FecalSwab-kuljetusputkessa (Copan). Lähetä näyte mahdollisimman nopeasti mikrobiologian laboratorioon. Tarvittaessa näytteitä voi säilyttää enintään 3 vrk 15-25 asteessa tai 4 vrk 2-8 asteessa.

Huom! Näytteeksi soveltuu vain uloste, oksennusnäytteitä ei analysoida.

KULJETUS: FecalSwab-näytekuljetusputki läpinäkyvään suljettavaan muovipussiin pakattuna (Minigrip tai vastaava)

www.nordlab.fi/potilaille/laboratoriossa-asionti/valmistautuminen/ohjeet-kotona-otettaville-naytteille

Menetelmä

Tutkimuksessa osoitetaan ulostenäytteestä reaaliaikaisella multiplex-PCR-menetelmällä seuraavien mikrobipatogeenien geenialueita:

Bakteerit:

-Campylobacter (jejuni/coli/upsaliensis): Tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

-Clostridioides difficile (toxin A/B)

-EAEC (Enteroaggregatiivinen Escherichia coli)

-EHEC (Enterohemorrhaginen Escherichia coli). Tunnistaa O157-seroryhmän ja erottelee Stx1/Stx2 -geenit.

-EPEC (Enteropatogeeninen Escherichia coli) Ei kykene tunnistamaan EPEC-kantoja EHEC-positiivisista näytteistä.

-ETEC (enterotoksigeeninen Escherichia coli)

-Plesiomonas shigelloides

-Salmonella

-Shigella/EIEC (enteroinvasiivinen Escherichia coli). Ei erottele toisistaan shigella- ja EIEC-kantoja.

-Vibrio cholerae

-Vibrio parahaemolyticus

-Vibrio vulnificus

-Yersinia enterocolitica

PCR-menetelmällä positiivisista bakteerilöydöksistä tehdään viljely bakteerikannan tarkempaa tunnistamista, herkkyysmäärityksiä ja mahdollista tyypittämistä varten seuraaville löydöksille: Campylobacter spp., Shigella/EIEC, Salmonella spp., Vibrio-lajit, Plesiomonas shigelloides, Yersinia enterocolitica. EHEC-positiivisille näytteille tehdään viljely THL lisätyypityksiä varten vain hoitoyksikön erikseen pyytäessä. Viljelyt tehdään Nordlab Oulun/Rovaniemen mikrobiologian laboratorioissa ja ne vastataan omana tutkimuksenaan (F-BaktJVi).

Virukset:

-Adenovirus (F40/F41): Tunnistaa suluissa mainitut adenovirustyypit, mutta ei erottele niitä toisistaan

-Astrovirus -Norovirus (GI/GII): Tunnistaa suluissa mainitut genotyypit, mutta ei erottele niitä toisistaan.

-Rotavirus (A)

-Sapovirus (I/II/IV/V): Tunnistaa suluissa mainitut genotyypit, mutta ei erottele niitä toisistaan.

Parasiitit:

-Cryptosporidium spp.

-Cyclospora cayetanensis

-Entamoeba histolytica

-Giardia lamblia

Huom! Tutkimuksella ei voida todeta madonmunia (matoinfektiota epäiltäessä pyydetään F-Para-O) tai Dientamoeba fragilista (epäiltäessä pyydetään F-DifrNhO), eikä muita harvinaisia ihmiselle ripulia aiheuttavia alkueläimiä (epäiltäessä pyydetään F-Para-O).

Tekotiheys

Tulkinta

Kukin osatutkimus vastataan erikseen joko positiivisena tai negatiivisena. Positiivisille löydöksille annetaan mikrobin nimen selventävä lausunto. Positiivinen PCR-tulos osoittaa mikrobin nukleiinihapon löytymistä ulosteesta.

Huomautukset

VIRHELÄHTEET: Väärin otettu, kuljetettu tai säilytetty näyte. Edeltävä antimikrobihoito voi vaikuttaa tulokseen. Bakteerietiologiaa epäiltäessä näyte tulisi ottaa 4 vuorokauden sisällä oireiden alusta, koska patogeenien määrä on tuolloin ulosteessa korkeimmillaan.

Nukleiinihapon osoitus on viljelyä herkempi tutkimus, joten sillä voi löytyä bakteerikantoja, joita ei saada viljeltyä, eikä siten herkkyysmäärityksiä tehtyä.

Bakteeriperäisen ruokamyrkytysepidemian etiologian selvittämiseksi suositellaan lisäksi tutkimusta F-BaktVi3.

PCR-testi ei tunnista Yersinia pseudotuberculosista tai Aeromonas-lajeja. Mikäli Aeromonas-laji löytyy jatkoviljelyssä sivulöydöksenä, se ilmoitetaan vastauksessa. Epäiltäessä Yersinia pseudotuberculosis-bakteerin aiheuttamaa infektiota pyydämme ottamaan yhteyttä laboratorioon.

Salmonellapositiivisen potilaan seurantatutkimuksena suositellaan salmonellaviljelytutkimusta (F-SalmVi).

Alle 2-vuotiailla C.difficile kuuluu suoliston normaaliin mikrobistoon.