Mitokondriaalisen DNA:n sekvensointitutkimus, lihaskudoksesta

Tiedustelut

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

NÄYTE: Peini lihasbiopsia otetaan tyhjään putkeen ja jäädytetään mahdollisimman nopeasti. Näytteen mukaan liitetään ensisijaisesti sähköinen lähete. Jos sähköisen lähetteen käyttö ei ole mahdollista, näytteen mukaan voidaan liittää paperinen lähete.

LÄHETYS: Lihabiopsiaa suunniteltaessa otetaan yhteys geneetikko Laura Kytövuoreen ja sovitaan näytteen lähetyksestä tai hausta. Tuore lihasbiopsia jäädytetään meikä sitä saa sulattaa.

Menetelmä

Koko mitokondriaalinen DNA (mtDNA) monistetaan osissa polymeraasiketjureaktiolla ja suorasekvensoidaan.

Tekotiheys

Tulokset valmiina

4 kuukauden kuluttua näytteen saapumisesta

Yleistä

Ihmisen mtDNA on kooltaan n. 16,6 kiloemästä. Se sisältää yhteensä 37 geeniä, joista osa koodaa mitokondriaaliseen hengityskoneistoon liittyvien entsyymikompleksien alayksiköitä Osa geeneistä puolestaan koodaa mitokondriaalisia siirtäjäRNA- tai ribosomiRNA-molekyylejä. MtDNA:n alueelta tunnetaan suuri määrä tautia aiheuttavia mutaatioita. Mutaatiot voivat esiintyä homoplasmisina (esiintyvät kaikissa mtDNA-molekyyleissä) tai heteroplasmisina (esiintyvät osassa mtDNA-molekyylejä).

Suorasekvensoinnin herkkyys alhaisten heteroplasmia-asteiden havaitsemisessa on rajallinen. Yleensä yli 10 % heteroplasmia-aste on sekvensoinnilla havaittavissa. Mitokondriaalisille mutaatioille on usein tyypillistä, että heteroplasmia-aste on korkeampi runsaasti energiaa vaativissa kudoksissa. Lisäksi joidenkin patogeenisten mtDNA:n mutaatioiden heteroplasmia-asteen on osoitettu laskevan veressä iän myötä. Näin ollen lihaskudoksesta eristetty DNA on mutaatioiden havaitsemisen kannalta informatiivisin.

Tulkinta

Tunnetun patogeenisen mutaation löytyminen mtDNA:sta varmistaa diagnoosin.

Huomautukset

Geenitutkimuksen toteuttaa Kari Majamaan Neurologian tutkimusryhmä.