Non-dystrofinen synnynnäinen myotonia/ionikanavataudit NGS-geenipaneeli

Indikaatio

Kliininen epäily kongenitaalisesta myotoniasta tai muusta ionikanavataudista: lihasjäykkyys, lihasten hypertrofia, EMG-löydökset, jaksottaiset halvausoireet, ajoittainen ataksia.

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

Ionikanavataudit ovat heterogeeninen ja yleensä periytyvä tautiryhmä, jossa ionikanavageenien mutaatiot aiheuttavat muutoksia solujen välisessä viestinnässä, jotka ilmenevät lihasten toimnnan häiriöinä. Yleisin tämän ryhmän taudeista on kongenitaalinen myotonia (MC), vallitsevasti periytyvä Thomsenin tai peittyvästi periytyvä Beckerin myotonia, jonka aiheuttavat kloridikanavageenin CLCN1 mutaatiot. Kliinisesti samantyyppinen sairaus on kongenitaalinen paramyotonia (PMC), joka on natriumkanavatauti ja aiheutuu SCN4A-geenin mutaatioista. Muita ionikanavien toimintaan liittyvia sairauksia ovat mm. hypokaleeminen periodinen paralyysi (HOKPP), hyperkaleeminen periodinen paralyysi (HYPP) sekä ajoittaiset ataksiat (EA).

NGS-geenipaneeli sisältää seuraavat geenit(13): ATP1A3 ATP2A1 CACNA1A CACNA1S CACNB4 CLCN1 HINT1 KCNA1 KCNE3 KCNJ2 SCN2A SCN4A SLC1A3.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.