Kuulovika, ei-syndrominen, NGS-geenipaneelitutkimus, verestä

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

NGS-geenipaneeli v3 (päivitetty 28.4.2025) sisältää seuraavat geenit (117): ACTG1 ADCY1 ATP2B2 BDP1 BSND CABP2 CCDC50 CDH23 CEACAM16 CIB2 CLDN14 CLDN9 CLIC5 CLRN2 COCH COL11A2 COL4A6 CRYM DCDC2 DIABLO DIAPH1 DIAPH3 DMXL2 DSPP ELMOD3 EPS8 EPS8L2 ESPN ESRP1 ESRRB EYA4 GAS2 GIPC3 GJA1 GJB2 GJB3 GJB6 GPR156 GPSM2 GRHL2 GRXCR1 GRXCR2 GSDME HGF HOMER2 ILDR1 KARS KCNE1 KCNQ1 KCNQ4 KIAA1024L LHFPL5 LMX1A LOXHD1 LRTOMT MARVELD2 MET MPZL2 MSRB3 MYH14 MYH9 MYO15A MYO3A MYO6 MYO7A NARS2 NLRP3 OSBPL2 OTOA OTOF OTOG OTOGL P2RX2 PCDH15 PDE1C PJVK PKHD1L1 PLS1 PNPT1 POU3F4 POU4F3 PPIP5K2 PRPS1 PTPRQ RDX RIPOR2 ROR1 S1PR2 SERPINB6 SIX1 SLC17A8 SLC22A4 SLC26A4 SLC26A5 SLITRK6 SMPX SPATC1L SPNS2 STRC STX4 SYNE4 TBC1D24 TECTA TJP2 TMC1 TMEM132E TMIE TMPRSS3 TNC TPRN TRIOBP TSPEAR USH1C USP48 WBP2 WFS1 ja WHRN.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel)ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.