B -Kuulovika, laaja, NGS-geenipaneelitutkimus

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

NGS-geenipaneeli v2 (päivitetty 28.4.2025) sisältää seuraavat geenit (304): ABCC1 ABHD12 ACOX1 ACTB ACTG1 ADCY1 ADGRV1 AIFM1 AK2 ALMS1 AMMECR1 ANKH AP1B1 AP1S1 ATF6 ATP11A ATP2B2 ATP6V1B1 ATP6V1B2 BCAP31 BCS1L BDP1 BRAF BSND BTD CABP2 CACNA1D CATSPER2 CCDC50 CD151 CD164 CDC14A CDC42 CDH23 CDK5RAP2 CDKN1C CEACAM16 CEP250 CEP78 CHD7 CHSY1 CIB2 CISD2 CLDN14 CLDN9 CLIC5 CLPP CLRN1 CLRN2 COCH COG4 COL11A1 COL11A2 COL2A1 COL4A3 COL4A4 COL4A5 COL4A6 COL9A1 COL9A2 COL9A3 CRLS1 CRYM DAP3 DCAF17 DCDC2 DHRSX DIABLO DIAPH1 DIAPH3 DLX5 DMXL2 DNAJC3 DNMT1 DSPP EDN3 EDNRB EHD1 ELMOD3 EPS8 EPS8L2 ERAL1 ESPN ESRP1 ESRRB EYA1 EYA4 FAM136A FBRSL1 FDXR FGF3 FGFR3 FITM2 FMN1 FOXF2 FOXI1 GAS2 GATA2 GATA3 GGPS1 GIPC3 GJA1 GJB1 GJB2 GJB3 GJB6 GPR156 GPSM2 GREB1L GRHL2 GRXCR1 GRXCR2 GSDME HAAO HARS HARS2 HGF HOMER2 HOXA1 HOXA2 HOXB1 HSD17B4 ILDR1 KARS KCNE1 KCNJ10 KCNJ16 KCNQ1 KCNQ4 KDM3B KIAA0391 KIAA1024L KIT KITLG KMT2D LARS2 LETM1 LHFPL5 LHX3 LMNA LMX1A LMX1B LOXHD1 LRP2 LRTOMT MAN2B1 MANBA MANF MAP1B MAP2K1 MAP3K20 MARVELD2 MASP1 MET MGP MITF MN1 MORC2 MPZL2 MRPL49 MSRB3 MTSS1L MYH14 MYH9 MYO15A MYO3A MYO6 MYO7A NARS2 NDP NDRG1 NLRP12 NLRP3 NMNAT1 OGDHL OPA1 OSBPL2 OTOA OTOF OTOG OTOGL OXR1 P2RX2 PAX1 PAX2 PAX3 PBX1 PCDH15 PDE1C PDSS1 PDZD7 PEX1 PEX26 PEX6 PJVK PKHD1L1 PLCG1 PLOD3 PLS1 PLXNB2 PMP22 PNPT1 POLD1 POLR1C POLR1D POU3F4 POU4F3 PPIP5K2 PRPS1 PSMC3 PTPN11 PTPRQ RABGAP1 RAF1 RDX RFC4 RFT1 RIPOR2 RMND1 RNF220 ROR1 RPS6KA3 S1PR2 SALL1 SALL4 SEMA3E SERAC1 SERPINB6 SGPL1 SIX1 SIX5 SLC12A2 SLC17A8 SLC19A2 SLC22A4 SLC26A4 SLC26A5 SLC29A3 SLC33A1 SLC4A11 SLC52A2 SLC52A3 SLC9A1 SLITRK6 SMAD4 SMPX SNAI2 SOX10 SOX2 SPATA5 SPATA5L1 SPATC1L SPEN SPNS2 SPTBN4 STAG2 STRC STX4 STXBP3 SUCLA2 SYNE4 SYT2 TBC1D24 TBL1X TCOF1 TECTA TFAP2A THOC1 THUMPD1 TIMM8A TJP2 TMC1 TMEM132E TMEM43 TMIE TMPRSS3 TMTC2 TNC TOP2B TPRN TRAF7 TRIOBP TRMU TRPV4 TSHZ1 TSPEAR TUBB4B TXNL4A TYR USH1C USH1G USH2A USP48 USP53 VCAN VPS33B WBP2 WFS1 WHRN XPA XYLT2 YARS ZMIZ1 ja ZSCAN10.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit