B -Kuulovika, laaja, NGS-geenipaneelitutkimus

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

NGS-geenipaneeli sisältää seuraavat geenit (180): ABHD12 ACTG1 ADCY1 ADGRV1 AIFM1 ALMS1 ANKH ATP2B2 ATP6V1B1 ATP6V1B2 BCS1L BDP1 BSND BTD CABP2 CACNA1D CATSPER2 CCDC50 CD151 CDC42 CDH23 CDKN1C CEACAM16 CEP250 CHD7 CHSY1 CIB2 CLDN14 CLIC5 CLPP CLRN1 COCH COL11A1 COL11A2 COL2A1 COL4A3 COL4A4 COL4A5 COL4A6 COL9A1 COL9A2 COL9A3 CRYM DCAF17 DCDC2 DIABLO DIAPH1 DIAPH3 DLX5 DMXL2 DNMT1 DSPP EDN3 EDNRB ELMOD3 EPS8 ESPN ESRRB EYA1 EYA4 FAM136A FGF3 FGFR3 FOXI1 GATA3 GIPC3 GJA1 GJB2 GJB3 GJB6 GPSM2 GRHL2 GRXCR1 GSDME HARS HARS2 HGF HOMER2 HOXB1 HSD17B4 ILDR1 KARS KCNE1 KCNJ10 KCNQ1 KCNQ4 KIT LARS2 LHFPL5 LOXHD1 LRP2 LRTOMT MAN2B1 MANBA MARVELD2 MET MGP MITF MSRB3 MYH14 MYH9 MYO15A MYO3A MYO6 MYO7A NARS2 NDP NLRP3 OSBPL2 OTOA OTOF OTOG OTOGL P2RX2 PAX3 PCDH15 PDE1C PDZD7 PEX1 PEX26 PEX6 PJVK PNPT1 POLR1C POLR1D POU3F4 POU4F3 PRPS1 PTPRQ RDX RIPOR2 RMND1 RPS6KA3 SALL1 SALL4 SEMA3E SERPINB6 SIX1 SIX5 SLC17A8 SLC22A4 SLC26A4 SLC26A5 SLC29A3 SLC33A1 SLC52A3 SLITRK6 SMAD4 SMPX SNAI2 SOX10 STAG2 STRC SUCLA2 SYNE4 SYT2 TBC1D24 TBL1X TCOF1 TECTA TFAP2A TIMM8A TJP2 TMC1 TMIE TMPRSS3 TNC TPRN TRIOBP TRMU TSHZ1 TSPEAR TYR USH1C USH1G USH2A VCAN WFS1 WHRN XYLT2

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit