B -Immuunivajavuus, laaja NGS-geenipaneelitutkimus

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

NGS-geenipaneeli v2 (päivitetty 28.4.2025) sisältää seuraavat geenit (625): ABCB7 ACD ACP5 ACTB ADA ADA2 ADAM17 ADAR ADH5 AGR2 AICDA AIRE AK2 ALAS2 ALPI ALPK1 ANGPT1 ANKRD26 ANKZF1 AP1S3 AP3B1 AP3D1 APOA1 APOA2 APOC2 APOC3 APOL1 ARHGEF1 ARPC1B ARPC5 ATAD3A ATG4A ATM ATP6AP1 B2M BACH2 BCL10 BCL11B BLK BLM BLNK BLOC1S6 BRCA1 BRCA2 BRIP1 BTK C15orf41 C1QA C1QB C1QC C1R C1S C2 C2orf69 C3 C4A C4B C5 C6 C7 C8A C8B C8G C9 CARD11 CARD14 CARD8 CARD9 CARMIL2 CASP10 CASP8 CBLB CCBE1 CCR2 CCR5 CD19 CD247 CD27 CD274 CD28 CD3D CD3E CD3G CD4 CD40 CD40LG CD46 CD55 CD59 CD70 CD79A CD79B CD81 CD8A CDAN1 CDC42 CDCA7 CEBPE CFB CFD CFH CFHR1 CFHR2 CFHR3 CFHR4 CFHR5 CFI CFP CFTR CHD7 CHUK CIB1 CIITA CLCN7 CLPB COL4A3BP COL7A1 COPA COPG1 CORO1A CR2 CRACR2A CREBBP CSF2RA CSF2RB CSF3R CTC1 CTLA4 CTNNBL1 CTPS1 CTSC CXCR2 CXCR4 CYBA CYBB CYBC1 DBF4 DBR1 DCLRE1B DCLRE1C DDX41 DDX58 DEF6 DIAPH1 DKC1 DNAJC21 DNASE1L3 DNASE2 DNMT3B DOCK11 DOCK2 DOCK8 DPP9 DSG1 DUOX2 DUT EFL1 ELANE ELF4 EP300 EPCAM EPG5 ERBIN ERCC4 ERCC6L2 ERG ERN1 ETV6 EXTL3 F12 FAAP24 FADD FANCA FANCB FANCC FANCD2 FANCE FANCF FANCG FANCI FANCL FANCM FAS FASLG FAT4 FCGR3A FCHO1 FCN3 FERMT1 FERMT3 FGA FGL2 FLT3LG FMNL2 FNIP1 FOXI3 FOXN1 FOXP3 FPR1 G6PC3 G6PD GALE GATA1 GATA2 GATA3 GFI1 GIMAP5 GIMAP6 GINS1 GINS4 GLRX5 GNAI2 GSN GTF3A GUCY2C GUK1 HAVCR2 HAX1 HCK HEATR3 HELLS HMOX1 HOXA11 HPS1 HPS4 HPS6 HSPA1L HTRA2 HYOU1 ICOS ICOSLG IFIH1 IFNAR1 IFNAR2 IFNG IFNGR1 IFNGR2 IGLL1 IKBKB IKBKE IKBKG IKZF1 IKZF2 IKZF3 IL10 IL10RA IL10RB IL12B IL12RB1 IL12RB2 IL17F IL17RA IL17RC IL18BP IL1R1 IL1RN IL21 IL21R IL23R IL27RA IL2RA IL2RB IL2RG IL36RN IL6R IL6ST IL7 IL7R INO80 IPO8 IRAK1 IRAK4 IRF1 IRF2BP2 IRF3 IRF4 IRF7 IRF8 IRF9 ISG15 ITCH ITGAV ITGB2 ITK ITPKB ITPR3 IVNS1ABP JAGN1 JAK1 JAK3 KARS KCNA5 KDM6A KIF23 KLF1 KMT2A KMT2D KNG1 KRAS LACC1 LAMTOR2 LAT LCK LCP1 LCP2 LIG1 LIG4 LPIN2 LRBA LSM11 LY96 LYN LYST LYZ MAD2L2 MADD MAGT1 MALT1 MAN2B2 MAP1LC3B2 MAP3K14 MAPK8 MASP2 MASTL MBD4 MBL2 MCM10 MCM4 MCTS1 MDM4 MECOM MEFV MOGS MPEG1 MPIG6B MPL MPO MRTFA MS4A1 MSH6 MSN MTHFD1 MVK MYD88 MYH9 MYO5B MYSM1 NAF1 NBAS NBEAL2 NBN NCF1 NCF2 NCF4 NCKAP1L NCSTN NFAT5 NFATC1 NFATC2 NFE2L2 NFKB1 NFKB2 NFKBIA NHEJ1 NHP2 NLRC4 NLRP1 NLRP12 NLRP3 NOD2 NOP10 NOS2 NOX1 NPC1 NPM1 NRAS NSMCE3 NUDCD3 OAS1 OAS2 OGFRL1 ORAI1 OSMR OSTM1 OTULIN P2RY8 PALB2 PARN PAX1 PAX5 PDCD1 PEPD PGM3 PI4KA PIK3CD PIK3CG PIK3R1 PLCG1 PLCG2 PLEKHM1 PLG PMS2 PMVK PNP POLA1 POLA2 POLD1 POLD2 POLD3 POLE POLE2 POLR3A POLR3C POLR3F POMP POT1 POU2AF1 PRF1 PRIM1 PRKCD PRKDC PSEN1 PSENEN PSMA3 PSMB10 PSMB4 PSMB8 PSMB9 PSMD12 PSMG2 PSTPIP1 PTCRA PTEN PTPN13 PTPN2 PTPRC PUS1 RAB27A RAC2 RAD50 RAD51 RAD51C RAG1 RAG2 RANBP2 RAP1B RASGRP1 RBCK1 RBM8A RC3H1 RECQL4 REL RELA RELB REXO2 RFWD3 RFX5 RFXANK RFXAP RHBDF2 RHOG RHOH RIPK1 RIPK3 RNASEH2A RNASEH2B RNASEH2C RNASEL RNF168 RNF31 RORC RPA1 RPL11 RPL15 RPL18 RPL26 RPL31 RPL35A RPL5 RPL8 RPL9 RPS10 RPS19 RPS20 RPS24 RPS26 RPS28 RPS29 RPS7 RPSA RTEL1 RUNX1 SAMD9 SAMD9L SAMHD1 SASH3 SAT1 SBDS SCGN SEC23B SEC61A1 SEMA3E SENP7 SERPINA1 SERPING1 SGPL1 SH2B3 SH2D1A SH3BP2 SH3KBP1 SHARPIN SKIV2L SLC19A1 SLC19A2 SLC25A38 SLC29A3 SLC35C1 SLC37A4 SLC39A7 SLC46A1 SLC7A7 SLC9A3 SLCO2A1 SLX4 SMARCAL1 SMARCD2 SNX10 SOCS1 SP110 SPI1 SPINK5 SPPL2A SRP19 SRP54 SRP68 SRP72 SRPRA STAT1 STAT2 STAT3 STAT4 STAT5B STAT6 STIM1 STK4 STN1 STX11 STXBP2 STXBP3 SYK TAP1 TAP2 TAPBP TAZ TBCE TBK1 TBX1 TBX21 TBXAS1 TCF3 TCIRG1 TCN2 TERT TET2 TFRC TGFB1 TGFBR1 TGFBR2 THBD THPO TICAM1 TINF2 TIRAP TLR3 TLR4 TLR7 TLR8 TMC6 TMC8 TMEFF1 TMEM173 TNFAIP3 TNFRSF11A TNFRSF13B TNFRSF13C TNFRSF1A TNFRSF4 TNFRSF9 TNFSF11 TNFSF12 TNFSF13 TNFSF9 TOP2B TP63 TPP2 TRAF3 TRAF3IP2 TREX1 TRIM22 TRNT1 TTC37 TTC7A TTR TYK2 TYMS UBA1 UBE2T UNC13D UNC93B1 UNG USB1 USP18 VPS13B VPS45 WAS WDR1 WIPF1 WRAP53 XIAP XRCC2 ZAP70 ZBTB24 ZCCHC8 ZNF341 ja ZNFX1.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.