B -Immuunivajavuus, laaja NGS-geenipaneelitutkimus

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

NGS-geenipaneeli v1.2 sisältää seuraavat geenit (587): ABI3 ACD ACP5 ACTB ADA ADA2 ADAM17 ADAR AGA AICDA AIRE AK2 ALG13 ALPI AP1S3 AP3B1 AP3D1 APOL1 ARHGEF1 ARMC4 ARPC1B ATAD3A ATG4A ATM ATP6AP1 B2M BACH2 BCL10 BCL11B BLK BLM BLNK BLOC1S6 BRCA1 BRCA2 BTK C1QA C1QB C1QC C1R C1S C2 C2orf69 C3 C4A C4B C5 C6 C7 C8A C8B C8G C9 CA2 CARD11 CARD14 CARD9 CARMIL2 CASP10 CASP8 CAVIN1 CCBE1 CCDC103 CCDC114 CCDC39 CCDC40 CCDC65 CCNO CD19 CD247 CD27 CD28 CD3D CD3E CD3G CD4 CD40 CD40LG CD46 CD55 CD59 CD70 CD79A CD79B CD81 CD8A CDC42 CDCA7 CDK9 CDKN2B CEBPE CENPF CFAP298 CFAP300 CFB CFD CFH CFHR1 CFHR2 CFHR3 CFHR4 CFHR5 CFI CFP CFTR CHD7 CHUK CIB1 CIITA CLCN7 CLEC4D CLEC7A CLPB CNBP COLEC11 COPA COPG1 CORO1A CR2 CRACR2A CREBBP CSF2RA CSF2RB CSF3R CTC1 CTLA4 CTNNBL1 CTPS1 CTSC CXCR2 CXCR4 CYBA CYBB CYBC1 DBR1 DCLRE1B DCLRE1C DDX58 DEF6 DGKE DHFR DIAPH1 DKC1 DNAAF1 DNAAF2 DNAAF3 DNAAF4 DNAAF5 DNAH1 DNAH11 DNAH5 DNAH9 DNAI1 DNAI2 DNAJC21 DNAL1 DNASE1 DNASE1L3 DNASE2 DNMT3B DOCK2 DOCK8 DRC1 EFL1 ELANE ELF4 EPCAM EPG5 ERBIN ERCC2 ERCC3 ERCC4 ERCC6L2 EXTL3 F12 FAAP24 FADD FANCF FANCI FANCM FAS FASLG FAT4 FBF1 FBRS FCGR1A FCGR2A FCGR2B FCGR3A FCGR3B FCGRT FCHO1 FCN3 FERMT1 FERMT3 FNIP1 FOXM1 FOXN1 FOXP3 FPR1 FPR2 FPR3 G6PC G6PC3 G6PD GAD1 GAS2L2 GAS8 GATA1 GATA2 GFI1 GINS1 GJC2 GRHL2 GTF2H5 GUCY2C HAVCR2 HAX1 HELLS HMOX1 HPS1 HPS4 HPS6 HTRA2 HYDIN HYOU1 ICOS ICOSLG IFIH1 IFNAR1 IFNAR2 IFNG IFNGR1 IFNGR2 IGLL1 IKBKB IKBKG IKZF1 IKZF2 IKZF3 IL10 IL10RA IL10RB IL12B IL12RB1 IL12RB2 IL17A IL17F IL17RA IL17RC IL18 IL18BP IL1RN IL2 IL21 IL21R IL22 IL23A IL23R IL2RA IL2RB IL2RG IL31RA IL36RN IL6 IL6R IL6ST IL7R INO80 INSR INVS IRAK1 IRAK4 IRF2BP2 IRF3 IRF4 IRF7 IRF8 IRF9 ISG15 ITCH ITGAM ITGB2 ITK ITPKB IVNS1ABP JAGN1 JAK1 JAK2 JAK3 KCNA5 KDM6A KMT2A KMT2D KRAS LACC1 LAMTOR2 LAT LCK LCP2 LIG1 LIG4 LPIN2 LRBA LRRC6 LRRC8A LSM11 LTBP3 LYST LYZ MAGT1 MAL2 MALT1 MAN2B1 MAN2B2 MANBA MAP1LC3B2 MAP3K14 MAPK8 MASP1 MASP2 MBL2 MC2R MCIDAS MCM10 MCM4 MECOM MED13L MEFV MICA MOGS MPI MPO MRE11 MRTFA MS4A1 MSH6 MSN MTHFD1 MTPAP MVK MYD88 MYO5A MYO5B MYSM1 NBAS NBN NCF1 NCF2 NCF4 NCKAP1L NCSTN NFAT5 NFE2L2 NFKB1 NFKB2 NFKBIA NFKBID NHEJ1 NHP2 NLRC4 NLRP1 NLRP12 NLRP3 NLRP7 NME8 NOD2 NOP10 NOS2 NRAS NSMCE3 OAS1 ODC1 OFD1 ORAI1 OSTM1 OTULIN PARN PARP1 PAX1 PAX5 PBX1 PCCA PCCB PDCD1 PEPD PGM3 PIGA PIH1D3 PIK3CD PIK3CG PIK3R1 PLCG2 PLEKHM1 PLG PMM2 PMS2 PNP POLA1 POLD1 POLD2 POLE POLE2 POLR3A POLR3C POLR3F POMP POT1 POU2AF1 PRF1 PRG4 PRKCD PRKDC PRPS1 PSEN1 PSENEN PSMA3 PSMB10 PSMB4 PSMB8 PSMB9 PSMG2 PSTPIP1 PTEN PTPN2 PTPN22 PTPRC RAB27A RAC2 RAG1 RAG2 RANBP2 RASGRP1 RASGRP2 RBCK1 RC3H1 RECQL4 REL RELA RELB RELN RET RFX5 RFXANK RFXAP RHOG RHOH RIPK1 RNASEH2A RNASEH2B RNASEH2C RNF168 RNF31 RORC RPGR RPSA RSPH1 RSPH3 RSPH4A RSPH9 RTEL1 SAMD3 SAMD9 SAMD9L SAMHD1 SART3 SASH3 SBDS SEC61A1 SEMA3E SERAC1 SERPING1 SGPL1 SH2B3 SH2D1A SH3BP2 SH3KBP1 SKIV2L SLC13A4 SLC29A3 SLC35A1 SLC35C1 SLC37A4 SLC39A4 SLC39A7 SLC46A1 SLC7A7 SMARCAL1 SMARCD2 SNX10 SOCS1 SOCS4 SP110 SPAG1 SPI1 SPINK5 SPPL2A SRP54 SRP72 STAT1 STAT2 STAT3 STAT4 STAT5A STAT5B STAT6 STIM1 STK36 STK4 STN1 STX11 STXBP2 SYK TAP1 TAP2 TAPBP TAZ TBK1 TBX1 TBX21 TCF3 TCIRG1 TCN2 TERT TET2 TFRC TGFB1 TGFBR1 TGFBR2 THBD TICAM1 TINF2 TIRAP TLR3 TLR4 TLR7 TLR8 TMC6 TMC8 TMEM173 TNFAIP3 TNFRSF11A TNFRSF13B TNFRSF13C TNFRSF1A TNFRSF4 TNFRSF9 TNFSF11 TNFSF12 TNFSF13 TNIP1 TOM1 TOP2B TPP2 TRAF3 TRAF3IP2 TREX1 TRIM22 TRNT1 TSPAN14 TTC37 TTC7A TUBGCP3 TYK2 UBA1 UNC119 UNC13D UNC93B1 UNG USB1 USP18 VAV1 VPS13B VPS45 WAS WDR1 WIPF1 WRAP53 XIAP ZAP70 ZBTB24 ZC3HC1 ZFP36 ZMYND10 ZNF34 ZNF341 ZNFX1

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.