B -Perinnöllinen syöpäalttius laaja, NGS-geenipaneelitutkimus

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

NGS-geenipaneeli sisältää seuraavat geenit (354): ABL1 ACD ACVRL1 ADM AIP AKT1 AKT2 AKT3 ALK ANKRD26 APC AR ARAF ARID1A ASXL1 ATM ATR ATRX AXIN2 AXL BAP1 BARD1 BLM BMPR1A BRAF BRCA1 BRCA2 BRIP1 BTK BUB1B CASR CBL CCND1 CD70 CDC73 CDH1 CDK4 CDK6 CDKN1B CDKN1C CDKN2A CDKN2B CEBPA CEP57 CHEK2 CREBBP CSF1R CSF3R CTC1 CTNNA1 CTNNB1 CTR9 CYLD DDB2 DDR2 DDX41 DGCR8 DICER1 DIRAS3 DIS3L2 DKC1 DNAJC21 DNMT3A DOCK8 EFL1 EGFR ELAC2 ELANE ELP1 ENG EPCAM ERBB2 ERBB3 ERCC1 ERCC2 ERCC3 ERCC4 ERCC5 ERCC6L2 ESR1 ETV6 EXO1 EXT1 EXT2 EZH2 FAM111B FANCA FANCB FANCC FANCD2 FANCE FANCF FANCG FANCI FANCL FANCM FAS FGFR1 FGFR2 FGFR3 FH FLCN FLT3 FOXE1 FOXL2 FOXO1 FOXO3 GALNT12 GATA1 GATA2 GBA GDNF GNA11 GNAQ GNAS GPC3 GPR101 GPR161 GREM1 H19 HABP2 HAVCR2 HAX1 HNF1A HNF1B HOXB13 HRAS IDH1 IDH2 IGF2 IKZF1 ITK JAK1 JAK2 JAK3 KCNQ1OT1 KDR KIF1B KISS1R KIT KITLG KLLN KMT2A KMT2C KMT2D KNSTRN KRAS LIG4 LZTR1 MAD2L2 MAGOH MAP2K1 MAP2K2 MAP2K4 MAPK1 MAX MBD4 MC1R MDH2 MDM4 MED12 MEN1 MET MINPP1 MITF MLH1 MLH3 MPL MRE11 MSH2 MSH3 MSH5 MSH6 MSR1 MTAP MTOR MUTYH MYC MYCN MYD88 NAF1 NBN NDUFA13 NF1 NF2 NFE2L2 NFIX NHP2 NKX2-1 NOP10 NOTCH1 NOTCH2 NOTCH3 NPM1 NRAS NSD1 NSUN2 NTHL1 NTRK1 NTRK2 NYNRIN PALB2 PARN PAX3 PAX5 PAX6 PAX7 PDGFRA PDGFRB PHF6 PHOX2B PIK3CA PIK3CB PIK3R1 PMS1 PMS2 POLA1 POLD1 POLE POLH POT1 PPM1D PPP1CB PPP2R1A PRF1 PRKAR1A PRSS1 PTCH1 PTCH2 PTEN PTPN11 PTPN12 RABL3 RAC1 RAD21 RAD50 RAD51 RAD51C RAD51D RAD54L RAF1 RASA2 RB1 RBM10 RECQL RECQL4 REST RET RHBDF2 RHEB RHOA RIT1 RMRP RNASEL RNF43 ROS1 RPL11 RPL15 RPL23 RPL26 RPL27 RPL31 RPL35A RPL36 RPL5 RPS10 RPS15 RPS19 RPS20 RPS24 RPS26 RPS27 RPS27A RPS28 RPS29 RPS7 RRAS RRAS2 RTEL1 RUNX1 SAMD9 SAMD9L SBDS SDHA SDHAF2 SDHB SDHC SDHD SEC23B SETD2 SF3B1 SH2B3 SH2D1A SHOC2 SLC26A3 SLC5A5 SLX4 SMAD4 SMAD9 SMARCA2 SMARCA4 SMARCB1 SMARCE1 SMC1A SMC3 SMO SOS1 SOS2 SPOP SPRED1 SQSTM1 SRC SRGAP1 SRP72 SRRM2 STAG2 STAT3 STK11 STN1 STX11 STXBP2 SUFU TERF2IP TERT TET2 TG TGFBR2 TINF2 TMEM127 TNFRSF11A TOP1 TOP3A TP53 TRIM28 TRIM37 TRIP13 TSC1 TSC2 TSHR TSR2 U2AF1 UBA2 UBE2T UNC13D VHL WAS WRAP53 WRN WT1 XPA XPC XPO1 XRCC2 XRCC3

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.