B -Aineenvaihduntasairaudet, NGS-geenipaneelitutkimus

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

Näytteeksi otetaan 3 ml laskimoverta EDTA-putkeen. Näytteen esitiedot kirjataan sähköisesti ja mikäli sähköistä yhteyttä ei ole käytettävissä, liitetään mukaan Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/lahete_genetiikan_laboratorioon_2018_1.pdf

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte toimitetaan laboratorion asiakaspalveluun. OYS:n ulkopuolella otettu näyte lähetetään osoitteeseen: NordLab Pohjois-Pohjanmaa, Näytteen vastaanotto, Genetiikan laboratorio, Kajaanintie 50, 90220 Oulu. Näyte lähetetään huoneenlämpöisenä eikä se saa jäätyä. Tarvittaessa näytettä voidaan säilyttää jääkaapissa 1-3 vrk ennen lähetystä.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

NGS-geenipaneeli sisältää seuraavat geenit (975): AARS2 AASS ABAT ABCA1 ABCB11 ABCB4 ABCB7 ABCC8 ABCD1 ABCD3 ABCD4 ABCG2 ABCG5 ABCG8 ABHD12 ABHD5 ACAD8 ACAD9 ACADL ACADM ACADS ACADSB ACADVL ACAT1 ACAT2 ACBD5 ACO2 ACOX1 ACSF3 ACVR1 ACY1 ADA ADAMTSL2 ADAR ADK ADSL AFG3L2 AGA AGK AGL AGPAT2 AGPS AGXT AHCY AIFM1 AKR1D1 AKT2 ALAD ALAS2 ALDH18A1 ALDH1B1 ALDH3A2 ALDH4A1 ALDH5A1 ALDH6A1 ALDH7A1 ALDOA ALDOB ALG1 ALG10 ALG11 ALG12 ALG13 ALG14 ALG2 ALG3 ALG6 ALG8 ALG9 ALPL AMACR AMN AMPD1 AMT ANO10 ANO5 ANTXR2 AOX1 APOA1 APOA5 APOB APOC2 APOE APOPT1 APRT APTX ARG1 ARSA ARSB ARSE ARSG ASAH1 ASL ASPA ASS1 ATAD3A ATAD3B ATIC ATP13A2 ATP2A1 ATP5F1A ATP5F1B ATP5F1C ATP5F1D ATP5F1E ATP5MC1 ATP5MC2 ATP5MC3 ATP5ME ATP5PF ATP5PO ATP6AP1 ATP6V0A2 ATP7A ATP7B ATP8B1 ATPAF2 ATXN7 AUH B3GALNT2 B3GALT6 B3GAT3 B3GLCT B4GALNT1 B4GALT1 B4GALT7 B4GAT1 BAAT BCAT1 BCAT2 BCKDHA BCKDHB BCKDK BCS1L BMP6 BOLA1 BOLA2 BOLA3 BSCL2 BSND BTD C12orf65 C19orf12 C19orf70 C1GALT1C1 C1QBP CA5A CACNA1S CAD CAPN3 CARS2 CASQ1 CASR CAT CAV1 CAV3 CAVIN1 CBS CCDC115 CD320 CDAN1 CEP89 CETP CHCHD10 CHKB CHST14 CHST3 CHST6 CHSY1 CIDEC CISD2 CLCN1 CLCNKB CLDN16 CLDN19 CLN3 CLN5 CLN6 CLN8 CLPB CLPP CLPS CNDP1 CNNM2 CNNM4 COA1 COA3 COA5 COA6 COA7 COASY COG1 COG2 COG4 COG5 COG6 COG7 COG8 COL11A2 COL2A1 COQ2 COQ4 COQ5 COQ6 COQ7 COQ8A COQ8B COQ9 COX10 COX14 COX15 COX20 COX4I1 COX4I2 COX5A COX5B COX6A1 COX6B1 COX6C COX7A1 COX7A2 COX7B COX7B2 COX7C COX8A CP CPOX CPS1 CPT1A CPT2 CSGALNACT1 CSTB CTDP1 CTH CTNS CTSA CTSC CTSD CTSK CUBN CYBRD1 CYC1 CYCS CYP27A1 CYP7A1 CYP7B1 D2HGDH DAG1 DARS DARS2 DBH DBT DCC DCXR DDC DDOST DGUOK DHCR24 DHCR7 DHDDS DHFR DHFR2 DHODH DHTKD1 DLAT DLD DLST DMD DMGDH DMPK DNA2 DNAJB6 DNAJC12 DNAJC19 DNAJC5 DNM1L DNM2 DOLK DPAGT1 DPEP1 DPM1 DPM2 DPM3 DPYD DPYS DTD1 DYM DYSF EARS2 EBP ECHS1 ECSIT EDEM3 EGF EHBP1L1 EHHADH ELAC2 EMD ENO3 EOGT EPG5 EPM2A ERAL1 ERCC6L2 ETFA ETFB ETFDH ETHE1 EXT1 EXT2 FA2H FAH FAM111A FAR1 FARS2 FASTKD2 FBP1 FBP2 FBXL4 FDX2 FDXR FECH FGFR2 FH FHL1 FKRP FKTN FLAD1 FLNA FLNB FMO3 FOLR1 FOLR2 FOLR3 FOXRED1 FTCD FTH1 FTL FUCA1 FUK FUT8 FXN FXYD2 G6PC G6PC3 GAA GABRG2 GALC GALE GALK1 GALM GALNS GALNT12 GALNT2 GALNT3 GALT GAMT GARS GATB GATC GATM GBA GBE1 GCA GCDH GCH1 GCK GCLC GCSH GDAP1 GFER GFM1 GFM2 GFPT1 GGT1 GIF GK GLA GLB1 GLDC GLRA1 GLRX5 GLS GLUD1 GLUL GLYCTK GM2A GMPPA GMPPB GNE GNMT GNPAT GNPTAB GNPTG GNS GORAB GPC3 GPD1 GPHN GRHPR GSS GTPBP3 GUSB GYG1 GYG2 GYS1 GYS2 HAAO HADH HADHA HADHB HAL HAMP HARS2 HCCS HCFC1 HEPH HEXA HEXB HFE HGD HGSNAT HIBCH HJV HLCS HMBS HMGCL HMGCS2 HNF1A HNF1B HNF4A HOGA1 HPD HPRT1 HPS1 HRAS HS2ST1 HSD17B10 HSD17B4 HSD3B7 HSPA9 HSPD1 HTRA2 HYAL1 HYKK IARS2 IBA57 IDH1 IDH2 IDH3B IDS IDUA IER3IP1 IFIH1 INSR ISCA1 ISCA2 ISCU ISPD ITPA IVD KARS KCNA1 KCNJ10 KCNJ11 KCNJ2 KHK KYNU L2HGDH LACTB LAMA2 LAMP2 LARGE1 LARS LARS2 LBR LCAT LCT LDB3 LDHA LDLR LDLRAP1 LETM1 LFNG LIAS LIPA LIPC LIPE LIPI LIPT1 LIPT2 LMBRD1 LMNA LONP1 LPIN1 LPL LRPPRC LYRM4 LYRM7 MAGT1 MAN1B1 MAN2B1 MANBA MAOA MARS2 MAT1A MCCC1 MCCC2 MCEE MCOLN1 MDH2 MECR MFF MFN2 MFSD8 MGAT2 MGME1 MICU1 MIPEP MLYCD MMAA MMAB MMACHC MMADHC MOCOS MOCS1 MOCS2 MOGS MPC1 MPDU1 MPI MPV17 MRM2 MRPL12 MRPL3 MRPL40 MRPL44 MRPS14 MRPS16 MRPS2 MRPS22 MRPS23 MRPS34 MRPS7 MSMO1 MSTO1 MTFMT MTHFD1 MTHFR MTO1 MTPAP MTR MTRR MTTP MUT MVK MYH3 MYOT NADK2 NAGA NAGLU NAGS NARS2 NAT8L NAXD NAXE NBAS NDUFA1 NDUFA10 NDUFA11 NDUFA12 NDUFA13 NDUFA2 NDUFA3 NDUFA4 NDUFA5 NDUFA6 NDUFA7 NDUFA8 NDUFA9 NDUFAB1 NDUFAF1 NDUFAF2 NDUFAF3 NDUFAF4 NDUFAF5 NDUFAF6 NDUFAF8 NDUFB1 NDUFB10 NDUFB11 NDUFB2 NDUFB3 NDUFB4 NDUFB5 NDUFB6 NDUFB7 NDUFB8 NDUFB9 NDUFC1 NDUFC2 NDUFS1 NDUFS2 NDUFS3 NDUFS4 NDUFS5 NDUFS6 NDUFS7 NDUFS8 NDUFV1 NDUFV2 NDUFV3 NEU1 NFS1 NFU1 NGLY1 NHLRC1 NIPA2 NNT NPC1 NPC2 NSDHL NSUN3 NT5C NT5C3A NUBPL NUP62 NUS1 OAT OCRL OGDH OPA1 OPA3 OPLAH OSTC OTC OXA1L OXCT1 PAH PANK2 PARS2 PC PCBD1 PCCA PCCB PCK1 PCSK9 PCYT2 PDHA1 PDHB PDHX PDK1 PDK2 PDK3 PDK4 PDP1 PDP2 PDPR PDSS1 PDSS2 PDX1 PDXK PEPD PET100 PET117 PEX1 PEX10 PEX11A PEX11B PEX12 PEX13 PEX14 PEX16 PEX19 PEX2 PEX26 PEX3 PEX5 PEX6 PEX7 PFKL PFKM PGAM2 PGAP2 PGAP3 PGK1 PGM1 PGM3 PHGDH PHKA1 PHKA2 PHKB PHKG1 PHKG2 PHYH PHYKPL PIGA PIGL PIGM PIGN PIGO PIGS PIGT PIGV PIGW PINK1 PITRM1 PLA2G6 PLIN1 PMM2 PMPCA PMPCB PNLIP PNP PNPLA2 PNPLA4 PNPLA8 PNPO PNPT1 POLG POLG2 POMGNT1 POMGNT2 POMK POMT1 POMT2 POP1 POR PPA2 PPARG PPM1B PPM1K PPOX PPT1 PREPL PRKAG2 PRKAG3 PRODH PRPS1 PSAP PSAT1 PSPH PTCD1 PTCD3 PTF1A PTPRZ1 PTS PUS1 PYCR1 PYGL PYGM QARS QDPR QRSL1 RAI1 RANBP2 RARS2 RBCK1 RBP4 REN RFT1 RMND1 RNASEH1 RNASEH2A RNASEH2B RNASEH2C RNASET2 ROBO3 RPIA RPL10 RRM2B RTN4IP1 RXYLT1 RYR1 SACS SAMHD1 SAR1B SARDH SARS2 SC5D SCARB1 SCN4A SCO1 SCO2 SCP2 SDHA SDHAF1 SDHAF2 SDHB SDHC SDHD SEC23B SERAC1 SERPINA1 SETX SFXN4 SGCA SGCB SGCD SGCG SGSH SHMT2 SHPK SI SIL1 SKIV2L SLC11A2 SLC12A3 SLC16A1 SLC17A5 SLC18A2 SLC19A2 SLC19A3 SLC22A4 SLC22A5 SLC25A1 SLC25A12 SLC25A13 SLC25A15 SLC25A19 SLC25A2 SLC25A20 SLC25A22 SLC25A26 SLC25A3 SLC25A32 SLC25A38 SLC25A4 SLC25A40 SLC25A42 SLC25A46 SLC27A5 SLC2A1 SLC2A2 SLC30A10 SLC35A1 SLC35A2 SLC35A3 SLC35C1 SLC35D1 SLC36A2 SLC37A4 SLC39A14 SLC39A4 SLC39A8 SLC3A1 SLC40A1 SLC46A1 SLC52A1 SLC52A2 SLC52A3 SLC5A1 SLC5A6 SLC6A19 SLC6A20 SLC6A3 SLC6A8 SLC6A9 SLC7A7 SLC7A9 SLCO1B1 SLCO1B3 SMPD1 SPG7 SPR SPTLC1 SPTLC2 SRD5A3 SRRT SSBP1 SSR3 SSR4 ST3GAL3 ST3GAL5 STAC3 STAT2 STEAP3 STS STT3A STT3B SUCLA2 SUCLG1 SUCLG2 SUGCT SUMF1 SUOX SURF1 TACO1 TALDO1 TANGO2 TARS2 TAT TAZ TBC1D4 TCAP TCF4 TCN1 TCN2 TDO2 TF TFAM TFR2 TH TIMM44 TIMM50 TIMM8A TIMMDC1 TK2 TKFC TM6SF2 TMEM126A TMEM126B TMEM165 TMEM199 TMEM65 TMEM70 TMPRSS6 TNPO3 TOP3A TPK1 TPMT TPP1 TRAP1 TRAPPC11 TREH TREX1 TRIM32 TRIM37 TRIT1 TRMT10C TRMT5 TRMU TRNT1 TRPM6 TSFM TTC19 TTC37 TTPA TUFM TUSC3 TWNK TXN2 TYMP UCP2 UGT1A1 UMOD UMPS UPB1 UQCC2 UQCC3 UQCRB UQCRC1 UQCRC2 UQCRFS1 UQCRH UQCRQ UROC1 UROD UROS USF1 VARS2 VIPAS39 VKORC1 VPS13C VPS33B WARS2 WDR45 WFS1 XDH XPNPEP3 XYLT1 XYLT2 YARS2 YME1L1 ZMPSTE24

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel)ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit.