B -Jo tehdyn geenipaneelitutkimuksen laajentaminen koko eksomin tutkimukseksi

Suoritus

Aiemmin tehty kohdennettu geenipaneelitutkimus analysoidaan koko eksomin laajuisena

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS) sisältäen kopiolukuanalyysin.

Tekotiheys

Yleistä

Aiemmin tehdyn geenipaneelitutkimuksen laajentaminen koko eksomin laajuiseksi silloin, kun kohdennetussa geenipaneelitutkimuksessa ei ole löytynyt kliinisiä oireita selittävää muutosta, mutta epäilys geneettisestä etiologiasta on vahva. Laajennettu tutkimus voidaan pyytää silloin, kun geenipaneelitutkimus on tehty NordLab genetiikan laboratoriossa.

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Myös suuret Mb-kokoluokkaa olevat kopiolukumuutokset, mm. tunnetut mikrodeleetio ja -duplikaatio oireyhtymät voidaan havaita, mutta katkoskohtien tarkka määritys ei ole mahdollista, koska geenien välisiltä ja intronisilta alueilta ei menetelmällä saada sekvenssiä. Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit. Sivulösydökset raportoidaan ACMG suositusten mukaisesti, mikäli tutkittava sitä toivoo (tietoon perustuva suostumus). Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset variantit ACMG SF v3.0 sivulöydöslistan geeneissä.

Huomautukset

Potilaasta ei tarvita uutta näytettä, koska laajennettu analyysi tehdään jo olemassa olevasta aiemmasta datasta. Pyynnössä on ilmoitettava kliiniset esitiedot mahdollisimman tarkasti ja pyynnon tekemisestä on ilmoitettava myös puhelimitse Genetiikan laboratorioon.