B -NGS-tutkimuksen koko eksomin uudelleenanalyysi, verestä

Indikaatio

Potilaan genomin koodaavien alueiden (eksonien) sekvensointi silloin, kun diagnoosi on avoin.

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

NGS-tutkimuksen koko eksomin uudelleenanalyysi voidaan toteuttaa maksimissaan 5 vuotta vanhasta aikaisemmasta NGS TWIST analyysista.

Menetelmä

Uuden sukupolven sekvensointimenetelmä (NGS). Tutkimus tehdään käyttäen TWIST Bioscience Comprehensive eksome kirjastokittiä ja Illuminan NextSeq550 laitteistoa. Käytetty NGS-menetelmä ei tunnista toistojaksomutaatioita, uudelleenjärjestymiä, alhaisen osuuden mosaiikkimuotoisia muutoksia ja tietyillä genomin alueilla, esimerkikisi ns. pseudogeenialueilla muutosten tunnistaminen luotettavasti ei aina ole mahdollista. Tarvittaessa tutkimusta täydennetään perinteisellä Sanger-sekvensoinnilla.

Tekotiheys

Yleistä

TWIST Comprehensive eksome kokoeksomipaneeli kattaa 36.8 Mb:n kohdealueen genomin eksonisisällöstä (21589 geeniä).

Tulkinta

Sekvenssidatan analysointiin ja tulosten tulkintaan käytetään Sophia DDM ja Integrative Genome Viewer (IGV) -analysointiohjelmia. Lisäksi DNA-muutosten kliinisen merkityksen arvioinnissa käytetään populaatiovariaatio- ja varianttitietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan tutkitut alueet, kattavuus kohdealueilla ja todetut muutokset sekä arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Lausunnossa ei ilmoiteta harmittomiksi luokiteltuja variantteja. Menetelmä tunnistaa geenien koodaavien alueiden sekvenssimuutokset (SNV/indel) ja silmukoitumisalueiden läheisyydessä olevat sevenssimuutokset sekä vähintään 2 eksonia kattavat kopiolukumuutokset (CNV). Todetut variantit arvioidaan ACMG-kriteereihin perustuvalla luokittelulla: 5 = patogeeninen, 4 = todennäköisesti patogeeninen, 3 = kliiniseltä merkitykseltään avoin (VUS, variant of unknown significance), 2 = todennäköisesti harmiton, 1 = harmiton. Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset, todennäköisesti patogeeniset sekä kliiniseltä merkitykseltään avoimet (VUS) potilaan ilmiasuun mahdollisesti sopivat variantit. Sivulöydökset raportoidaan ACMG suositusten mukaisesti, mikäli tutkittava sitä toivoo (tietoon perustuva suostumus). Lausunnossa ilmoitetaan patogeeniset ja todennäköisesti patogeeniset variantit ACMG SF v3.0 sivulöydöslistan geeneissä. NGS-tutkimuksen koko eksomin uudelleenanalyysi voidaan toteuttaa maksimissaan 5 vuotta vanhasta aikaisemmasta NGS TWIST analyysista.

Huomautukset

Tulkinnan kannalta on tärkeää, että lähete sisältää potilaan kliiniset esitiedot ja sukuhistorian mahdollisimman kattavasti ja tarkasti. Tutkimuspyynnön mukana tulee olla tilaajan ja potilaan yhdessä täyttämä ja allekirjoittama suostumuslomake: Tietoon perustuva suostumus laajoihin geenitutkimuksiin, joka löytyy laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi) Lähetteet ja lomakkeet. www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/04/tietoon_perustuva_suostumus_nordlab.pdf.