Molekyylikaryotyypitys, hankinnaiset poikkeavuudet, luuydin

Tiedustelut

Indikaatio

Kopiomäärämuutosten selvittely hematologisilla potilailla.

Esivalmistelu

Näytteenottoa varten varataan näytteenottoastia. CPT-putki tai EDTA-putki soveltuu tutkimukseen.

Näytteen käsittelyohjeet

Luuydinnäyte CPT-putkessa tai EDTA-putkessa soveltuu tutkimukseen.

Näytteen mukaan liitetään Genetiikan laboratorion lähete, jonka saa laboratorion kotisivuilta (www.nordlab.fi ja sieltä valitsemalla Lähetteet/Genetiikan laboratorio, NordLab Oulu). Paperilähete lähetetään vain siinä tapauksessa, että sähköistä lähetettä ei voi käyttää. Esitiedot merkittävä myös sähköiseen lähetteeseen.

LÄHETYS: OYS:ssa otettu näyte lähetetään välittömästi genetiikan laboratorioon (S6E 1. krs). OYS:n ulkopuolella otettu näyte pakataan huolellisesti ja lähetetään pika- tai ykköspostissa osoitteeseen: NordLab Oulu, Genetiikan laboratorio, PL 500, 90029 OYS.

Jos näytettä joudutaan säilyttämään, laitetaan se jääkaappiin (luuydin).

Menetelmä

Molekyylikaryotyypityksessä käytetään 50mer oligosirua (Infinium CytoSNP-850K (v1.3), Illumina), joka sisältää yli 840 000 (850K) cnv- ja SNP-oligonukleotidikoetinta kattaen n. 1-5 kb välein koko ihmisen genomin. Potilaan DNA hybridisoidaan oligosirulle, jonka jälkeen oligoihin sitoutuneiden, fluorokromeilla värjättyjen alleelien luku- ja kopiomäärän intensiteetit mitataan laserskannerilla (NextSeq550, Illumina), muutetaan numero- ja kuvatiedostoiksi ja analysoidaan käyttäen GenomeStudio-, KaryoStudio- ja BlueFuseMulti-analysointiohjelmia (Illumina). Menetelmän erotuskyky on n. 10 kb sytogeneettisesti tunnetuilla tärkeillä alueilla ja n. 18 kb koko genomin alueella. Kopiomäärän muutoksien lisäksi menetelmällä voidaan tunnistaa kopiomäärästä riippumatomat homotsygoottiset alueet (hmz, alle 10 Mb alueita ei raportoida) ja mahdollinen UPD (heterodisomiaepäilyissä on tutkittava myös vanhemmat) ja suhteellisen alhainen mosaikismi. Tutkimus ei tunnista tasapainossa olevia kromosomimuutoksia, kuten translokaatioita tai inversioita.

Tekotiheys

Yleistä

Molekyylikaryotyypityksessä (MK) tutkitaan koko genomista kopiomäärän muutoksia (cnv) käyttäen hyväksi DNA mikrosirutekniikoita. Molekyylikaryotyypityksellä voidaan tunnistaa mm. ALL-potilaiden hoidon valintaan liittyviä kopiomäärämuutoksia. Lisäksi siruilla, joissa cnv-oligojen lisäksi on mukana SNP-oligoja, voidaan tunnistaa homotsygoottiset alueet sekä havaita mahdollinen uniparentaalidisomia (UPD) ja tarvittaessa selvittää havaitun muutoksen alkuperä. UPD:n varmistamiseksi ja alkuperän selvittämiseksi tarvitaan näytteet molemmista vanhemmista SNP-genotyyppianalyysiä varten. Koska molekyylikaryotyyppauksessa mitataan perimässä olevia kopiomäärän muutoksia, tutkimus ei havaitse tasapainossa olevia rakennemuutoksia (translokaatio, inversio) eikä alle 10% mosaikismia.

Tulkinta

Tutkimuksessa havaittujen kopiomäärämuutosten tai uniparentaalidisomian tulkinnassa (harmiton/patologinen muutos) ja patologisten muutosten geenisisällön analysoimisessa käytetään apuna eri tietokantoja. Tutkimuksesta annetaan kirjallinen lausunto, jossa ilmoitetaan molekyylikaryotyyppi ja arvioidaan löydöksen kliininen merkitys sekä mahdollisten jatkotutkimusten tarve (esim. vanhempien tutkimukset). Yli 10 Mb suuruiset LOH-alueet raportoidaan lausunnossa. Leukemiapotilaiden tutkimuksessa raportoidaan UKALL CNA-profiilin mukaiset muutokset koosta riippumatta ja muut havaitut muutokset, jotka ovat kooltaan vähintään 5 Mb.

Huomautukset

Kiireellisistä näytteistä on sovittava erikseen ja niistä peritään lisämaksu.