Bakteeripatogeenit, nukleiinihapon osoitus (PCR), ulosteesta

Osatutkimukset

Tiedustelut

Indikaatio

Gastroenteriitin etiologian selvittäminen. EHEC-positiivisuuden seuranta.

Esivalmistelu

Täytä lähetetiedot huolellisesti. Mikäli sähköistä lähetettä ei ole käytettävissä, tulostettava lähete löytyy osoitteesta: www.nordlab.fi/wp-content/uploads/2022/03/mikrobiologian_ja_immunologian_tutkimusten_lahetelomake_0.pdf

Epidemiaselvitystilanteissa merkitse näyte epidemiatunnuksella.

Näyteastia

Näytteen käsittelyohjeet

NÄYTE: Ulostenäyte FecalSwab-kuljetusputkessa (Copan). Lähetä näyte mahdollisimman nopeasti mikrobiologian laboratorioon. Tarvittaessa näytteitä voi säilyttää enintään 24h huoneenlämmössä tai 5 vrk 2-8 asteessa.

KULJETUS: FecalSwab-näytekuljetusputki läpinäkyvään suljettavaan muovipussiin pakattuna (Minigrip tai vastaava)

www.nordlab.fi/potilaille/laboratoriossa-asionti/valmistautuminen/ohjeet-kotona-otettaville-naytteille

Menetelmä

Tutkimuksessa osoitetaan ulostenäytteestä reaaliaikaisella multiplex-PCR-menetelmällä seuraavien bakteeripatogeenien geenialueita:

1. Shigella/EIEC (enteroinvasiivinen E.coli): Ei erottele toisistaan shigella- ja EIEC-kantoja.

2. Campylobacter (lajit jejuni & coli): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

3. Vibrio (lajit vulnificus/parahaemolyticus/cholerae): tunnistaa suluissa mainitut, mutta ei erottele niitä toisistaan.

4. ETEC (enterotoksigeeninen E.coli)

5. EHEC (enterohemorraaginen E.coli)

6. Salmonella

7. Plesiomonas shigelloides

8. Yersinia enterocolitica

PCR-menetelmällä positiivisista näytteistä tehdään viljely bakteerikannan tarkempaa tunnistamista, herkkyysmäärityksiä ja mahdollista tyypittämistä varten (ETEC- ja EIEC-löydöksiä ei varmisteta viljelyllä).

TULOKSET VALMIINA: PCR-testin tulokset saadaan viimeistään seuraavana arkipäivänä. Mikäli PCR-tulos on positiivinen, viljely- ja herkkyysmääritystulokset saadaan pääsääntöisesti 2-3 vrk kuluessa positiivisesta PCR-vastauksesta. THL:lta saatavien tarkempien tyypitystulosten vastausaika vaihtelee tapauskohtaisesti.

Tekotiheys

Tulkinta

Kukin osatutkimus vastataan erikseen joko positiivisena tai negatiivisena. Positiivinen PCR-tulos osoittaa bakteerin nukleiinihapon löytymistä ulosteesta.

Positiivisista näytteistä tehtävät viljelyt vastataan omana tutkimuksenaan (F-BaktJVi). Mikäli bakteeria on vähän, voi se jäädä löytymättä viljelytutkimuksessa ja tällöin herkkyysmääritystä ei voida tehdä.

Huomautukset

VIRHELÄHTEET: Väärin otettu, kuljetettu tai säilytetty näyte. Näyte tulisi ottaa 4 vuorokauden sisällä oireiden alusta, koska patogeenien määrä on tuolloin ulosteessa korkeimmillaan. Edeltävä antimikrobihoito voi vaikuttaa tulokseen.

PCR-testi ei tunnista Yersinia pseudotuberculosista, Aeromonas-lajeja, eikä muita kampylobakteereita kuin Campylobacter jejuni ja Campylobacter coli. Mikäli Aeromonas-laji löytyy jatkoviljelyssä sivulöydöksenä, se ilmoitetaan vastauksessa. Epäiltäessä Yersinia pseudotuberculosis-bakteerin aiheuttamaa infektiota pyydämme ottamaan yhteyttä laboratorioon.